二代測(cè)序服務(wù)項(xiàng)目?jī)?nèi)容表：

　　樣品處理方法：

　　真核轉(zhuǎn)錄組(有參/無參)分析常見問題：

　　1、能否通過轉(zhuǎn)錄組研究找到我想要的基因，以及它在不同樣本之間的表達(dá)差異?

　　可以，但前提是樣本物種中的確存在該基因。對(duì)轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進(jìn)行樣本間差異分析可以得到基因的表達(dá)量差異，以及差異是否顯著。有參轉(zhuǎn)錄能夠直接通過結(jié)果文件找到目的基因的名稱及相關(guān)信息，無參轉(zhuǎn)錄則需要通過BlastX進(jìn)行比對(duì)尋找。

　　2、能否通過轉(zhuǎn)錄組研究找到針對(duì)某一特定功能的基因，以及分析它的表達(dá)情況?

　　可以。轉(zhuǎn)錄組分析通過GO數(shù)據(jù)庫比對(duì)，能夠得到與GO數(shù)據(jù)庫中不同功能相關(guān)的基因信息，以及其在實(shí)驗(yàn)組中的上、下調(diào)情況

　　3、可變剪切都有些什么剪切，通過轉(zhuǎn)錄組分析我能得到什么?

　　可變剪切共分為5種：SE(外顯子跳躍)、RI(內(nèi)含子滯留)、MXE(外顯子互斥)、A5SS(5‘端外顯子可變剪切)以及A3SS(3’端外顯子可變剪切)。可變剪切是調(diào)節(jié)基因表達(dá)和產(chǎn)生蛋白質(zhì)組多樣性的重要機(jī)制，同時(shí)也是轉(zhuǎn)錄組研究的一個(gè)重要內(nèi)容。轉(zhuǎn)錄組分析能夠分析出某一特定可變剪切所處的基因名稱，染色體位置，在不同樣本之間的表達(dá)量差異以及差異顯著性等

　　4、SNP、Indel主要指什么?

　　SNP和Indel分別指單核苷酸多態(tài)性(單堿基變異)和核苷酸插入缺失(多堿基插入/缺失)，表明了實(shí)驗(yàn)組在經(jīng)過處理后的基因變異情況。通過轉(zhuǎn)錄組研究能夠得到不同基因不同位點(diǎn)上發(fā)生的變異和影響情況，對(duì)腫瘤等研究具有重要意義。

　　結(jié)果展示：

　　圖一：差異基因篩選。火山圖能夠直觀的展示具有顯著性差異表達(dá)的基因數(shù)目

　　圖二：數(shù)據(jù)質(zhì)控。測(cè)序得到的原始測(cè)序序列(Sequenced Reads)或者raw reads，里面含有帶接頭的、低質(zhì)量的reads，為了保證信息分析質(zhì)量，必須對(duì)raw reads過濾，得到clean reads，后續(xù)分析都基于clean reads。在測(cè)序過程中會(huì)存在一定的錯(cuò)誤率，測(cè)序錯(cuò)誤率分布檢查可以反映測(cè)序數(shù)據(jù)的質(zhì)量。

　　16S/18S/ITS擴(kuò)增子測(cè)序常見問題：

　　1、擴(kuò)增子與宏基因組的差別?

　　擴(kuò)增子主要分為16S、18S、ITS測(cè)序，關(guān)注環(huán)境樣本中的物種組成，該技術(shù)物美價(jià)廉，實(shí)用性高。宏基因組關(guān)注環(huán)境樣本中的物種組成、功能組成及代謝通路等信息，該技術(shù)深入挖掘環(huán)境樣本功能層面的信息。

　　2、樣本送到公司，什么時(shí)候可以拿到結(jié)果?

　　自樣本檢測(cè)合格之后開始計(jì)算周期，包括建庫、測(cè)序、數(shù)據(jù)分析、結(jié)題。擴(kuò)增子周期一個(gè)月左右。

　　3、擴(kuò)增子測(cè)序主要能夠得到的結(jié)果有哪些?

　　擴(kuò)增子測(cè)序主要是能夠不通過分離篩選，直接提取環(huán)境中的總DNA進(jìn)行測(cè)序，得到某一生態(tài)環(huán)境或處理中微生物群落的物種分布、α多樣性(樣本內(nèi))以及β多樣性(樣本間);同時(shí)，當(dāng)樣本來自于環(huán)境如土壤、水樣等，還可以分析環(huán)境因子與該樣本內(nèi)物種之間的關(guān)聯(lián)性。

　　結(jié)果展示：

　　圖三。物種進(jìn)化樹。能夠得到屬水平前100屬的代表序列間的遠(yuǎn)近關(guān)系及在不同樣本間的豐度信息。

　　圖四：PCA主成分分析。能夠最大程度反映樣本間差異。如果樣本的群落組成越相似，則它們?cè)赑CA圖中的距離越接近。